Большо́е Протопо́пово — малое село в Томском районе, входит в состав Мирненского сельского поселения.
Население 371 человек, в настоящее время стремительно растёт в связи с переселением сюда горожан, строящих здесь свои коттеджи и дачи.
Большое Протопопово расположено на левом берегу реки Ушайки и в северо-западной части села расположено устье речки Каменки (на западной околице села Каменка вбирает в себя ещё 2 малые речки), в 4 км от центра сельского поселения посёлка Мирный.