Томская область, являясь родоначальником центрального участка Транссиба, который более полувека так и назывался — Томская железная дорога, имеет весьма незначительную железнодорожную сеть.
Предложение оставить Томск в стороне от строившейся Транссибирской магистрали было высказано инж. Н.П. Межениновым после обследования предполагаемой трассы в 1889 году. В случае прохождения Транссибирской магистрали через Томск, большие участки приходились бы на пустынные заболоченные местности или на пересеченные оврагами участки, кроме того, мосты через реки пришлось бы строить в невыгодных местах. Дорога удлинялась на 86 верст, что привело бы к удорожанию строительства на 300 тысяч российских императорских золотых рублей и лишнему пробегу транзитных грузов.