Мемориальный музей «Следственная тюрьма НКВД» расположен по адресу пр. Ленина, 44, в подвале бывшего здания Томского НКВД, который находился напротив здания нынешней мэрии г. Томска, на пересечении проспектов Ленина и Фрунзе). Является филиалом областного краеведческого музея. Рядом с музеем расположен сквер памяти жертв сталинских репрессий (бывший двор НКВД), в котором установлены несколько памятников погибшим в годы большевистских репрессий.
Директор музея — Василий Антонович Ханевич. Экспозиционные площади — 200 м².
Музей был учреждён в 1989 году, в 1993 году получил помещение и был открыт в 1996 году.