Автобусный маршрут № 5 проходит по марщруту Академгородок — Троллейбусное депо — Дом книги — Краеведческий музей — Центральный рынок — Черемошники — Станция «Товарная». Современный 5-й маршрут в точности повторяет действовавший в советское время муниципальный автобусный маршрут № 2.

Маршрут проходит по территории Советского и Ленинского районов, длина маршрута в одну сторону — около 14 км.

До завершения строительства развязки на Балтийской улице маршрут работал в укороченном режиме - до троллейбусного депо.

Автобусный маршрут № 402: г. Северск (ПАТП — ул. Трудовая — ул. Лесная — ул. Первомайская — пр. Коммунистический — ул. Победы — ул. Ленинградская — ул. Славского — ЦКПП) — Чекистский тракт — г. Томск (ул. Смирнова — пр. Мира — ул. Дальне-Ключевская — ул. Яковлева — ул. Красноармейская — пер. Нечевский — ул. Гоголя — пр. Фрунзе — ул. Елизаровых — ул. Балтийская — пр. Академический до ост. Академическая (конечная) — ул. Балтийская — ул. Елизаровых — пр. Фрунзе — ул. Красноармейская — ул. Яковлева — ул. Дальне-Ключевская — пр. Мира — ул. Смирнова) — Чекистский тракт — г. Северск (далее в обратной последовательности).

Муниципальный автобусный маршрут № 33 пл. Ленина — Спичфабрика был создан не позднее 2004 года как замена существовавшего в советское время маршрута № 3 (пл. Ленина — Спичфабрика). Маршрут был проложен через пер. Батенькова — Аптекарский мост — ул. Лермонтова — ул. Среднекирпичная — ул. Яковлева — ул. Пушкина — Спичфабрика. На улицах Лермонтова и Среднекирпичной до этого не ходили автобусы и специально для маршрута были организованы остановки, сохранившиеся до нашего времени в виде желтых табличек. Маршрут обслуживался автобусами «Паз-Аврора»

Автобусный маршрут № 31 — коммерческий автобусный маршрут в Томске, следующий от микрорайона Академического через проспекты Комсомольский, Кирова и Ленина до конца улицы Большой Подгорной (Черемошники).

Маршрут был создан из части автобусов маршрута № 26 около 2003—2004 года и первоначально носил номер «26а». Создание маршрута было вызвано перебоями в транспортном обслуживании Черемошников вдоль улицы Большой Подгорной, которая до этого обслуживалась только трамваями.

Автобусный маршрут № 25 (с января 2013 года — реорганизован в кольцевой маршрут, путём соединения конечных остановок и заездом в микрорайон вновь построенной ул. Бирюкова. По часовой стрелке — маршрут № 25, против часовой стрелки — маршрут 52.)

Основной маршрут проходит через следующие главные остановки: Академгородок — Троллейбусное депо — Дом книги — Краеведческий музей — пер. 1905 года — Телецентр — Иркутский тракт — ул. Суворова — ул. С. Лазо — ОКБ — мкр. Солнечный — ул. Бирюкова — ул. Обручева (на ул. Клюева) — Микрорайон Наука — ул. Осенняя — Академгородок.

Автобусный маршрут № 2 — коммерческий автобусный маршрут. Никоим образом не связан с существововавшим муниципальным автобусным маршрутом № 2, функции которого выполняет коммерческий автобус № 5.

Маршрут создан на основе трамвайного маршрута № 2 с продлением до Приборного завода.

Трасса следования: стадион «Буревестник» — пл. Южная — Томск-1 — пл. Кирова — Политехнический университет — пр. Ленина — пер. 1905 года — ТГАСУ — Телецентр — Иркутский тракт — ул. Суворова — ул. Лазо — ОКБ — Приборный завод.

Северский городской маршрут № 18Прямое направление: пос.Иглаково - ул.Бр.Иглаковых - маг. № 46 - Мичуринские - ПАТП - ул.Первомайская - Больничный городок - ул.Леонтичука - к-тр “Мир” - пл. им. В.И.Ленина - Вокзал - Химстрой - ул.Строителей - маг. “Восход” - ул.Царевского - Театр - маг. “Универсам” - ул.Солнечная - ДОК - маг. “Руслан” - шк. № 78 - Профилакторий - шк. № 82 - маг. № 23 - Чекист - ул.Ленинградская. Обратное направление: ул.Ленинградская - Чекист - маг. № 23 - шк. № 82 - Профилакторий - Калинина, 96 - Сосновка - шк. № 83 - Баня - Автостоянка - маг. “Спутник” - маг. “Восход” - ул.Строителей - Химстрой - Вокзал - пл. им. В.И.Ленина - к-тр “Мир” - ул.Парковая - Больничный городок - ул.Первомайская - Телеателье - ПАТП - Мичуринские - маг. № 46 - Вет.лечебница - ул.Бр.Иглаковых - пос.Иглаково.

Автобусный маршрут № 16 проходит по марщруту Академгородок — Троллейбусное депо — Дом книги — Краеведческий музей — Центральный рынок — пр. Мира — АРЗ — пос. Свечной — Сосновый бор.

Маршрут проходит по территории Советского и Ленинского районов, длина маршрута в одну сторону — около 18 км.

Некоторые из автобусов 16-го маршрута идут после Соснового бора по 131-му маршруту через пос. Светлый до Копылово.

Маршрут № 14 Прямое направление: ПАТП - ул.Первомайская - Больничный городок - ул.Леонтичука - к-тр “Мир” - пл. им. В.И.Ленина - маг. “Весна” - ул.Царевского - маг. “Универсам” - ул.Солнечная - ДОК - маг. “Руслан” - маг. “Мегаполис” - ул.Победы - ул.Ленинградская - Чекист - ул.Победы - маг. “Мегаполис” - маг. “Руслан” - т/ц “Северский” - ДОК - ул.Солнечная - Театр - ул.Царевского - маг. “Весна” - пл. им. В.И.Ленина - Химстрой - СМУ-2 - РОСТО - СКЦ. Обратное направление: СКЦ - РОСТО - Парусинка - СМУ-2 - Химстрой - пл. им. В.И.Ленина - к-тр “Мир” - ул.Парковая - Больничный городок - ул.Первомайская - Телеателье - ПАТП.

Автобусный маршрут № 1, существовал в Томске ранее, в основном в советское время, окончательно отменён мэрией в 2000 году.
В 1960-х маршрут существовал и был одним из основных городских пассажиропотоков.
Наполненность маршрута определялась факторами наличия в районе Томск-Второй вокзала с большим пассажиропотоком (1950—1970) и городским аэропортом в районе нынешнего жилмассива «Каштак».
Обслуживание осуществлялось в 1960-х «старыми ЛиАЗами» (ЛиАЗ—158A), с 1970-го и до 2000-го —- «новыми ЛИАЗами» (модель «ЛиАЗ 677») автопредприятия ПАТП на ул. Трифонова, 25 (позади здания аптеки на пр. Ленина, 54).