В Северске есть два вида пассажирского транспорта — автомобильный и речной. Кроме того, есть железнодорожные грузовые перевозки, пассажирской станции в городе нет (до 2002 года была). Авиационное сообщение осуществляется через томский аэропорт «Богашёво».
2 июня 2009 года Северское муниципальное ПАТП было признано банкротом. С 18 сентября 2009 в городе не будет муниципального транспорта, тем не менее, городские власти утверждают что транспортного кризиса в Северске нет.
В настоящее время в Северске муниципальный транспорт обслуживает только пригородные маршруты №№ 141—148, 400, 405. Внутригородские перевозки осуществляют коммерческие фирмы.