Создан как руководящий орган областной организации ВКП(б) в августе 1944 года в связи с образованием Томской области. Первая областная партийная конференция состоялась 15-18 февраля 1945 года. Томский обком ВКП(б) при переименовании партии в 1952 году переименован в Томский обком КПСС.
Обком управлял всеми горкомами и райкомами КПСС на территории Томской области, за исключением специальных ведомственных структур.